1991年5月，厦门大学组建化学工程系（简称化工系），同时设立中共厦门大学化工系党总支。林国栋（主持工作）、周昭明任系副主任，并在国内外公开招聘系主任。后因未招聘到合适人选，学校党政于1993年2月任命林国栋为化工系系主任。许书楷（1991.5～1991.12）、庄栋良（1991.12～1996.9）先后任化工系党总支书记，郭金全任副书记（1991.5～1996.1）。化工系部门工会由严健（1992.3～1994.10）、戴李宗（1994.10～1997.3）先后任主席，设立相应的工会小组。严健任化工系团委书记（1992.5～1996.1）。
1996年，系行政班子换届改选，林国栋续任系主任至1998年5月，高浩其（1996.6～1997.10，分管科研和研究生工作）、李清彪（1996.9～1998.4，分管本科教学工作）任系副主任。严健任党总支副书记并主持工作（1996.6～1998.5）。
1998.5～1999.4 李清彪任化工系系主任，系副主任为张会平（分管科研和研究生工作）、叶李艺（分管本科教学和实验室工作）。刘元庆任系党总支副书记并主持党总支工作。宋毅任系团委书记。
1999年4月，学校试行校院二级管理体制，相应成立了学院党总支，不再设立系党总支。李清彪任系主任（～2008.5），叶李艺任系副主任（～2008.5）。
2003年化学工程系更名为化学工程与生物工程系（仍简称化工系）。
2008.6～2009.12卢英华任系主任（实际主持工作至2010.4），曹志凯任系副主任（实际在2007年4月叶李艺到地方挂职时，即代为履行系副主任职责）。
2010.4～2013.2陈晓东任系主任，李军（主持系行政日常工作）、曹志凯任系副主任。
2013.2～2018.8，陈秉辉任系主任，吐松、何宁任系副主任。
2018.8～2020.12，洪文晶任系主任，黄加乐、何宁任系副主任。
2020.12～至今，王远鹏任系主任，黄加乐、张秋根任系副主任。