1991年，国家计划实施“901工程”，在中国科学院院士蔡启瑞教授的倡议下，厦门大学筹备建立化学工程系，2003年更名为化学工程与生物工程系，简称化工系。
我系本科设置有“化学工程与工艺”、“生物工程”专业，本科专业所依托的“化学工程与技术”一级学科，拥有一级学科硕博士学位点和一级学科博士后流动站，并设有化学工程研究所、生物化工研究所和工业催化与能源化工研究所，用于汇集科技骨干，充分发挥科研创新能力。
经过三十年的砥砺奋进、自强不息，我系在探索中创新，在创新中前行，不断汲取养分茁壮成长。“化学工程与工艺”本科专业2013年入选教育部卓越工程师培养教育计划，2018年通过中国工程教育专业认证，2019年入选首批国家级一流本科专业建设点。“生物工程”专业也于2022年入选第三批国家级一流本科专业建设点。所支撑的化工学科在2021年度泰晤士高等教育中国工学学科评级中被评为A+（厦门大学仅有的两个A+学科之一）；2021软科世界一流学科排名前75；2021年QS全球大学学科排名前150；厦门大学工科排名ESI前1%，是厦门大学最好工科之一。
在教师队伍搭建方面，自创立以来，我系始终秉承“优秀师资队伍乃办学之本”的教育理念，重点引进与培育产业、工程、研究型卓越教师，坚持以人为本、尊师重教。现有教职工共计54人，其中双聘院士2人、国家高层次人才3人、国家高层次青年人才4人、教育部新世纪优秀人才支持计划3人。我系聘请原系主任、澳大利亚工程院院士陈晓东等 14 位非全职教授，其中兼职教授、原系主任、首批中国化工学会会士李清彪教授被福建省委组织部任命为集美大学校长。我系许多教师还担任一些与化工学科相关的重要期刊的主编或编委，如Recent Innovation in Chemical Engineering、Frontiers in Materials、Biotechnology for Biofuels and Bioproducts、Journal of Applied Microbiology、化工进展等。此外，还有来自行业龙头企业的兼职教师50余人，构建起了一支年龄结构合理、产教研深度融合的高素质师资队伍。
在学生培育方面，通过不断创新人才培养模式，打造“浸润式思政教育”特色育人体系，成功培养出一大批高层次、应用型、复合型工程科技人才。学生团队在各类科创竞赛中频频获奖，近4年获省级及以上学业竞赛各类奖项50项，其中国际级13项，国家级20项，省级17项目。获全国大学生化工设计竞赛特等奖1次、一等奖10次，获国际遗传工程机器设计竞赛金奖12次，2020年取得总成绩排名世界第三的佳绩。此外，为沙特阿拉伯等海外国家培养本、硕、博学生长达20余年，多名校友已成为国际知名化工企业技术管理骨干。
截止至2022年12月，我系已培养本科毕业生2444名，硕士研究生1114名（其中国际硕士生66人），博士研究生142名（其中国际博士生11名）。目前，全系在校本科生191名（不含一年级大类学生），硕士研究生393名（其中国际硕士生3名），博士研究生94名（其中国际博士生1名）。
在科研上苦心孤诣、勇攀高峰。我系开展前沿原创性研究，近4年在Nature、Science、Cell子刊发表论文15篇，在JACS、AIChE J等国际期刊上发表论文400余篇。承担省部级及以上各类科研项目80多项，到账经费逾2亿元（含嘉庚实验室）。获授权专利187项。注重开展从基础研究到产业化原始创新，取得了多项丰硕成果，相关成果已广泛应用于各领域企业。
我系现建有或与化学学科共享有高端电子化学品国家工程研究中心（重组）、福建省精细化工产业技术开发基地、福建省高校化石能源化学与化工重点实验室、厦门市合成生物技术重点实验室等科研机构，并建有化工技术基础实验室、化学工程与工艺专业实验室、生物工程专业实验室等教学实验室。与福建省、厦门市共建嘉庚创新实验室，牵头建成总投资近亿元、面向战略新兴产业的亚洲首座无噪声超精密加工与表征实验室。通过校地合作成立支撑全国七大石化基地之一的厦门大学古雷石化研究院。
深入践行国家“一带一路”倡议，同心筑梦、与国同行。支撑建立厦门大学马来西亚分校能源与化工学科，为马来西亚分校首个获得国际工程认证和获得硕博士招生资格的学科。截至目前2022年12月，能源与化工学院有来自15个国家的在读学生567名。多位本科生在 Angew. Chem.等高水平杂志上发表文章，已成长为东南亚具有较高国际影响力的化工学科。
历经三十年的积淀与发展，厦门大学化学工程与生物工程系已经成为国内化工学界的重要新生力量，并逐渐在国际舞台上崭露头角，厦大化工人将以更加昂扬的奋斗姿态、更加饱满的实干热情，潜心科研、教书育人、竭诚报国。朝着“建设中国特色、厦大风格的世界一流学科”的宏伟目标砥砺奋进、再创辉煌！